В продолжение темы построения филогений в начале лекции обсуждаются вопросы реконструкции филогенетического дерева при множественных конфликтах между признаками. Разбирается способ построения топологий филогении при условии, что эволюция происходила с одинаковой скоростью. Затем рассматриваются более сложные методы, такие как метод максимального правдоподобия и байесовские методы, а также вопрос о том, какие признаки нужно брать для построения филогенетических деревьев. Тема филогений завершается рассмотрением вопроса о том, зачем вообще нужны филогении в биологии и других науках. Во второй части лекции начинается новая тема, в рамках которой рассматриваются прямые доказательства эволюции в науках о Земле. Сначала разбираются ключевые для изучения биологической эволюции свойства Земли, такие как земная орбита, структура Земли, тектонические плиты и типы горных пород. Затем рассматриваются методы изучения истории Земли. Лекция завершается вопросом о соотношении ископаемых и научных данных о современной жизни.

В дополнительных материалах к лекции содержится полная программа курса.