ДВФУ — первый классический университет на огромной территории от Байкала до Тихого океана. Его история началась 21 октября 1899 г., когда во Владивостоке открылся Восточный институт. Оригинальные учебно-образовательные программы, высококвалифицированный профессорско-преподавательский состав способствовали подготовке в его стенах уникальных и крайне востребованных в то время специалистов. Мировое признание заслужило научное издание вуза  — «Известия Восточного института». Научные труды и учебные пособия, подготовленные профессорами и преподавателями, печатались в собственной типографии, являвшейся единственной в своем роде в России благодаря возможности печатать  работы на семи языках: русском, маньчжурском, монгольском, китайском, корейском, тибетском и японском. Библиотека института к концу первого десятилетия существования насчитывала более 60 тыс. томов и по праву считалась крупнейшим сочинением по ориенталистике не только в России, но и в мире.

При поддержке и помощи Восточного института в 1918 г. во Владивостоке открыты частные историко-филологический факультет и высший политехникум, а в 1919 г. — частный юридический.

1920 год. Восточный институт и несколько частных учебных заведений были объединены в Государственный дальневосточный университет (ГДУ). Работали три факультета: восточный, историко-филологический и общественных наук.

Дважды — в 1930 и в 1939 гг. — университет закрывался по причинам политического характера. В 1930 г. ГДУ был закрыт в связи с разделением его на узкопрофильные высшие учебные заведения, однако уже в 1931 г. было принято решение о восстановлении университета во Владивостоке. В 1939 г. снова было принято решение о закрытии университета: студенты были переведены в другие вузы, библиотека и фонды музеев, а также оборудование лабораторий распределены по местным и центральным вузам.

В 1936 г. был создан ДВГТУ — Дальневосточный государственный технический университет.

В 1943 г. во Владивостоке был открыт Владивостокский государственный педагогический университет. До того момента в регионе не было высших учебных заведений, которые готовили бы педагогические кадры.

1956 год. ДВГУ вновь восстановлен на базе ВГПИ в составе пяти факультетов: физико-математического, историко-филологического, биологического, медицинского и романо-германской филологии.

1950–1990-е гг. — интенсивный рост Дальневосточного государственного университета. Университет вырос в несколько раз, созданы новые учебные и научно-исследовательские подразделения, была открыта аспирантура, диссертационные советы, биологические станции, физико-технический НИИ и пр.

2008 год. Правительством Российской Федерации было принято решение создать на базе ДВГУ Федеральный университет.

7 октября 2010 г. на должность ректора Дальневосточного федерального университета назначен доктор технических наук Владимир Владимирович Миклушевский. Современная стратегия развития Дальневосточного федерального университета основывается на интеграции естественно-научных областей знания классического университетского образования, инженерных знаний и технологий с современными информационными технологиями инновационной направленности.

17 декабря 2010 г. Председателем Правительства РФ Владимиром Путиным подписана Программа развития ДВФУ до 2019 г. В качестве приоритетных выбраны следующие направления развития: ресурсы мирового океана; энергоресурсы и энергосберегающие технологии; индустрия наносистем и наноматериалов; транспортно-логистический комплекс; экономическое, технологическое, культурное взаимодействие со странами Азиатско-Тихоокеанского региона и биолого-медицинские технологии. По этим направлениям будут сформированы своеобразные кластеры, сочетающие три направления. Это образовательные программы, которые будут в максимальной степени ориентированы на работодателя, исследовательские центры мирового уровня внутри каждого кластера и структуры коммерциализации исследований и разработок.

27 января 2011 г. министром образования и науки РФ подписан Приказ об объединении вузов (ДВФУ, ДВГТУ, ТГЭУ и УГПИ) в Дальневосточный федеральный университет. Процесс реорганизации завершился 1 июня 2011 г.